Diterimanya Islam dan kesultanan Islam
Masuknya Islam di Kalimantan timur di mulai pada abad ke – 17, berawal dari Kerajaan Bajar yang berasal dari Kalimantan selatan yang di komandai oleh Dato Ribandang dan Tuan Tunggang Parangan. Ekspedisi mereka berjalan dengan lancar, setelah itu Dato Ribandang kembali ke Makassar dan Tuan Tunggang Parangan menetap di Kutai, pada masa ini lah Raja Mahkota mulai menganut ajaran Islam. Selain daerah ini, Islam juga datang dari arah Timur, yang dibawah oleh pedagang Bugis-Makassar. Islam yang datang diterima dengan baik oleh Kerajaan Kutai dan kemudian berubah menjadi kesultanan pada abad ke-18. Sultan pertama yang memerintah di Kesultanan Kutai adalah Sultan Aji Muhammad Idris (1732-1739).
Pada masa pemerintahan Sultan Aji Muhammad Idris, beliau pergi ke Sulawesi Selatan untuk menolong rakyat Sulawesi yang sedang berperang melawan penjajahan Belanda. Sehingga tahta kesultanan Kutai direbut oleh Aji Kado yang resmi menjadi Sultan dengan gelar Sultan Aji Muhammad Aliyuddin (1739-1780). Tahta kesultanan kutai sebenarnya akan diberikan kepada Aji Imbut putra mahkota Sultan Aji Muhammad Idris , namun karena usianya yang masih belia, Aji Kado mengambil alih kesultanannya.
Setelah Aji Imbut dewasa dan dinobatkan sebagai Sultan Kutai denga gelar Aji Muhammad Muslihuddin (1780-1816). Sejak itu dimulai perlawanan terhadap Aji Muhammad Aliyuddin. Karena Aji Muhammad Muslihuddin mendapat bannyak bantuan dari rakyat sehingga ia dapat memenangi perlawanan tersebut, dan akhirnya Aji Muhammad Aliyuddin dihukum mati.
Dalam kesultanan Kutai Islam dijadikan sebagai agama resmi Negara. Para ulama mendapat kedudukan terhormat sebagai penasehat sultan dan pejabat-pejabat kesultanan, disamping sebagai hakim. Hukum Islam diberlakukan dalam menyelesaikan perkara perdata dan keluarga. Sehingga ajaran Islam sangat berpengaruh di daerah tersebut.
Masa kejayaan Kesultanan Kutai ialah pada masa pemerintahan Sultan Muhammad Muslihuddin (1739-1782) dan pada masa pemerintahan Sultan Muhammad Salihuddin (1782-1850). Pada masa itu Kesultanan Kutai tampi sebagai daerah maritim yang memiliki armada pelayaran yang meramikan perdagangan. Hasil rempah yang di hasilkan Kesultanan Kutai diantaranya adalah lada, kopi, kopra dan rempah-rempah. Sedangkan barang yang masuk ke daerah Kutai yaitu sutra, porselin dan lain-lain. Para pedagang dari Kesultanan Kutai sangat aktif berlayar di Kepulauan Nusantara, bahkan sampai ke Singapura, Filipina, dan Tiongkok.